最近のLinux(というかGNOME)はGConfというWindowsのレジストリに似た設定の保管機構を持っています。GConf-Cleanerはそのデータベースから不要なエントリを自動で見つけ、削除するソフトです。データーベースの保存場所は ~/.gconf/ で、GNOME系アプリはそこにいろいろ設定を保存しますが、アンインストールしても設定はそのまま。この ~/.gconf/ と /etc/gconf/ or /usr/share/gconf/ を比較して、もうすでに存在しないアプリのデータを不要と判断するのだと思います。たぶん
Fedora 7は公式レポジトリに、openSUSE 10.2はPackMan、Ubuntu 7.04はgetdebに、それぞれ rpm, deb が用意されてます。
えーと、おそらくGConfのエントリが多かろうが少なかろうが動作に影響は全くと言っていいほど無く、体感的に何も変わらないかと思われます。気分の問題ですな。
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